"Vacinação obrigatória é sinônimo de sifilização obrigatória (...) é sempre um envenenamento forçado, torna-se em muitos casos um assassinato legal."

Bagueira Leal

A maior resistência à nova lei vinha do Apostolado Positivista, que desde o final do Império lutava contra a obrigatoriedade da vacinação. Em uma série de folhetos contra o "despotismo sanitário" do governo, Teixeira Mendes e o médico Bagueira Leal atribuíam à vacina inúmeros perigos para a saúde, como sífilis, tuberculose, erisipela, gangrena, convulsões, entre outras doenças.
No Congresso, os debates foram acirrados, principalmente devido à recente aprovação de projeto do deputado Melo Mattos, que concedia às autoridades sanitárias o poder de derrubar prédios e designava um juiz especial para resolver casos pendentes da Saúde Pública.
Aproveitando-se de sua ampla maioria, o Governo agilizou a tramitação da nova lei. A oposição tentou obstruir a discussão, chegando a apresentar mais de cem emendas, sem resultado. Apesar da feroz oposição dos senadores Lauro Sodré e Barata Ribeiro, o Senado aprovou o projeto em 20 de julho, com 11 votos contrários. Em agosto, iniciou-se a discussão na Câmara. A resistência era liderada pelo deputado Barbosa Lima.